1865～1878年，中亞浩罕的軍事頭目阿古柏入侵新疆，并且占領了整個南疆和北疆的一部分，建立了反動的侵略政權，長達13年。各族人民為了保衛自己的家園，與侵略者展開了激烈的戰斗。   
    首先起來抵抗入侵者的是喀什噶爾周圍的柯爾克孜族人民，他們集合了六七千人，先在喀什噶爾交鋒，后來戰場轉移到喀什的西北部山區塔什米力克、吾依塔克以及英吉沙一帶。阿古柏利用從浩罕帶來的軍隊與武器，殘酷地鎮壓了柯爾克孜族人民的反抗。 
    接著，阿古柏進攻英吉沙。英吉沙軍民英勇奮戰，守城40天，寧死不屈，大部分士兵和居民在戰斗中獻出了生命。在巴楚西南有個瑪喇爾巴什村，那里住著3000多名維吾爾、回、漢等各族屯田農民，他們得知阿古柏的軍隊要從這個村子通過，就自動組織起來阻擊侵略者，進行了激烈的戰斗。   
    在喀什漢城，阿古柏利用重金收買了清軍守備何步云，但是城內人民不甘屈服，誓死抵抗，重創敵人。敵人入城后進行報復，在城內燒殺搶掠了七天，慘絕人寰。   
    在葉爾羌(今莎車)，守城的軍民先后兩次擊敗入侵者。人們從房頂上投擲石頭、磚塊，在街道上用槍炮射擊，并且進行肉搏戰，許多敵人從高高的墻上墜地死于非命，指揮戰斗的阿古柏也單槍匹馬落荒而逃，幾乎送了性命。阿古柏第二次攻城時，戰斗更加激烈殘酷，城里全民參戰，光是做飯的、打馕的和商販就死了1200人。敵人的頭領們都被這場惡戰驚呆了。葉爾羌人民第二次粉碎了阿古柏的進攻。1865年的秋天，葉爾羌軍民聯合庫車伊斯哈克的部隊夜襲阿古柏軍營，由于叛徒尼牙斯出賣了夜襲計劃，結果受挫，損失嚴重。   
    1867年，阿古柏誘殺了和田頭目哈比布拉，把部隊開入和田。和田人民醒悟過來后，與侵略者拼得你死我活。男女老幼齊出動，各種農具都成為打擊敵人的武器。阿古柏進行了瘋狂的鎮壓，斗爭一直堅持了一個多月。據《伊米爾德史》記載：阿古柏屠殺了五萬和田人。他們不僅殺人，甚至把驢、貓都殺光了。   
    1867年夏，阿古柏把戰火引向阿克蘇、庫車等地。他先占領了阿克蘇，接著就進攻庫車。庫車維、回等各族人民英勇抗敵，多次擊退敵人的進攻，擊斃了阿古柏的長子胡達·胡里伯克。阿古柏進入庫車城后，屠殺無辜民眾，施行報復，熱西丁和卓也被處死。   
    1870年3月，阿古柏的軍隊得到了英國人贈送的一萬枝步槍、大炮以及大批俄國的武器。裝備起來后，他們便翻越天山，要攻占吐魯番。但是，他們遭到吐魯番軍民的有力回擊。戰火燃燒到烏魯木齊后，遭到十余萬人的抵抗，阿古柏下令進行滅絕人性的大屠殺，無論是小孩、婦女還是俘虜全部殺盡。新疆各族人民為保衛祖國，保衛自己的家園，與侵略者進行了殊死的斗爭，做出了重大的犧牲。   
    阿古柏利用軍隊、警察、密探維持統治，各族人民紛紛起來反抗。塔什庫爾干的塔吉克族人民、阿圖什哈拉峻和阿合奇哈拉布拉克的柯爾克孜族人民、吐魯番的維吾爾族人民等，先后都舉行過起義。據英國人沙敖統計，大約四萬名漢族人因不愿意接受伊斯蘭教而被阿古柏殺戮。 1871年夏季，烏魯木齊、瑪納斯等地的回、漢族人民聯合起來，開展了聲勢浩大的抗暴斗爭。   
    1875年，清軍收復新疆時，得到新疆各族人民的有力配合與支援。生活在伊犁地區的錫伯族人民組織300多人墾荒屯田，儲備糧食，得知清軍進疆，他們跋山涉水將糧食送至軍營。清軍將領金順率軍進攻古牧地時，有阿吉之子哈生木罕、孫巴達爾罕臺吉、鄂斯滿頭目米爾圖拜等13員，率其部眾，捐駝1000峰，送到軍營。各地阿奇木伯克、阿訇、玉茲巴什(百戶長)以及群眾，攜帶奶酪、牛羊迎接清軍。1877年4月，清軍將領劉錦棠率軍包圍了盤踞在達坂城的阿古柏軍隊。在兩軍對峙的關鍵時刻，城內維吾爾族人民冒著生命危險潛出城外，將“安夷待援不至，現議突圍而走”的重要情報送至清軍軍營。清軍獲悉情報后即加緊攻城，抓住了戰機，打了收復南疆的第一個勝仗，一舉收復了達坂城、托克遜等城鎮。   
    喀喇沙爾的和碩特、土爾扈特蒙古族臺吉，到劉錦棠軍營請求參戰，被令回原地扼守，并偵察敵情。清軍進至喀喇沙爾，該臺吉隨同馳驅，報告了地形、敵情、水道深淺等情況。南疆維吾爾族人民配合作戰，或當向導，或隨軍參戰，均奮勇出力。被收復之地，維吾爾族頭領號召群眾供應部隊馬械、征收糧食柴草以及偵察敵情、防守關卡等，均辦理出色。庫車頭領托胡迪夏率領群眾痛擊阿古柏之子海古拉，并對西竄之敵艾克木汗進行追擊，有力地配合了清軍南下。   
    阿合奇、阿圖什哈拉峻一帶的柯爾克孜族牧民奮起趕走侵略者，并自動擔負起阻擊敵人的任務，不讓阿克蘇一帶敵人通過哈拉峻逃往喀什噶爾。帕米爾高原上的塔什庫爾干塔吉克族人民在當地頭領帶領下，趕走了侵略者，收復了色勒庫爾(即塔什庫爾干)。他們還抓獲了阿古柏的得力干將、浩罕入侵者玉努斯江，將其送至喀什噶爾清軍軍營。   
    在新疆各族人民的支持下，清朝軍隊僅僅用了一年半時間，就徹底摧毀了阿古柏的侵略政權。被阿古柏匪幫侵占、踐踏13年之久的大半個新疆，又重新回到了祖國的懷抱。